南阳市的水资源税计算方法如下：
1. 确定纳税人：纳税人包括水资源使用单位和水资源开发单位。
2. 确定计税依据：计税依据是水资源使用量或者水资源开发量。水资源使用量指的是纳税人在南阳市境内使用的水资源量，水资源开发量指的是纳税人在南阳市境内开发的水资源量。
3. 确定税率：南阳市的水资源税税率为每立方米0.2元。
4. 计算水资源税：水资源税=计税依据×税率。

例如，某水资源使用单位在南阳市境内使用了1000立方米的水资源，则其应缴纳水资源税为1000×0.2=200元。