兑现100万承兑汇票时，需要扣除的点数取决于以下几个因素：
1. 承兑汇票的到期日：如果承兑汇票的到期日距离兑现日较近，则扣除的点数会较低；反之，如果到期日距离兑现日较远，则扣除的点数会较高。
2. 汇票的背书情况：如果汇票已经被多次背书，则扣除的点数会较高，因为这意味着汇票的风险已经增加。
3. 汇票的质量：如果汇票是由信誉良好的公司或个人出具的，则扣除的点数会较低；反之，如果汇票的质量较差，则扣除的点数会较高。

一般来说，兑现100万承兑汇票时，扣除的点数在0.5%至2%之间。具体的扣除点数需要根据以上因素进行综合考虑，并根据市场行情进行调整。