小规模纳税人免税销售额应该填写在增值税纳税申报表的第3栏“免税销售额”中。在填写时，需要注意以下几点：
1. 免税销售额是指小规模纳税人销售免征增值税的货物或者劳务的销售额，包括出口货物、农产品、科技成果转让等。
2. 免税销售额应当按照销售发票的开具时间和金额填写，不得重复计算。
3. 免税销售额不包括免税项目的进项税额，也不包括免税货物的销售税额。
4. 如果小规模纳税人同时存在免税销售和应税销售，需要分别填写在第3栏和第1栏“应税销售额”中。

需要注意的是，小规模纳税人的免税销售额是免征增值税的，但是仍需按照相关规定进行纳税申报和备案。如果有疑问，建议咨询税务机关或会计师事务所的专业人员。