小规模纳税人季度报税的做账流程如下：
1. 首先，按照企业的经营活动，将每个季度的所有收入和支出进行分类汇总，包括销售收入、采购支出、运输费用、租金、工资、税费等。
2. 然后，按照税务部门的规定，计算出每个季度应纳税的销售额和应纳税额。
3. 接着，按照税务部门的要求，填写季度纳税申报表，包括销售额、应纳税额、已缴税额等信息。
4. 最后，将填好的季度纳税申报表和相关的财务报表、凭证等资料，提交给税务部门进行审核和核定。

需要注意的是，小规模纳税人季度报税的时间是每季度的15日至20日，如果延期申报，需要缴纳相应的滞纳金。同时，做账过程中需要注意准确计算税费，避免漏报或误报，以免影响企业的正常经营。