如果在会计实务中设置二级科目错误，可以按照以下步骤进行处理：
1. 确认错误的具体情况：需要明确错误的二级科目名称、设置的科目类别、科目编码等信息，以便下一步进行修改。
2. 修改二级科目设置：根据错误情况，可以在会计软件中进行修改，或者手动调整会计科目表格中的错误信息。
3. 调整相关凭证：如果已经有相关的凭证，需要进行相应的调整，将错误的二级科目替换为正确的科目，确保会计账簿的准确性。
4. 审核修改结果：对修改后的二级科目进行审核，检查是否存在其他错误或遗漏，确保会计科目表格的正确性。

需要注意的是，在进行二级科目设置错误的处理过程中，需要保证会计账簿的准确性和完整性，避免对企业的财务状况产生不良影响。同时，建议在日常会计实务中加强对会计科目设置的管理和审核，避免出现类似的错误。