工程审计公司资质办理需要按照国家相关法律法规和规定进行操作。具体步骤如下：
1. 准备材料：申请表、企业法人营业执照、组织机构代码证、税务登记证、安全生产许可证、财务报表、资质证书等。
2. 填写申请表：填写申请表时应认真核对填写内容，确保准确无误。
3. 递交申请材料：将准备好的申请材料递交到当地相关部门进行审核。
4. 审核：审核部门会对申请材料进行审查，如发现问题会及时通知申请人进行修改。
5. 颁发证书：审核通过后，颁发工程审计公司资质证书。

需要注意的是，不同地区的具体操作流程可能会有所不同，申请人应根据当地实际情况进行操作。同时，申请人还需了解相关法律法规和规定，确保申请过程符合要求。