根据中国税法，个人所得税的计算方法为：

应纳个人所得税 = 应纳税所得额 × 税率 - 速算扣除数

其中，应纳税所得额是指一个纳税人在一个纳税年度内所得的全部收入减去各种减除费用后的余额。税率和速算扣除数则是根据应纳税所得额的不同档次而定的。

对于工资收入，应纳税所得额的计算方法为：

应纳税所得额 = 工资收入 - 个人社保公积金缴纳金额 - 5000元的起征点

其中，个人社保公积金缴纳金额是指个人在一个纳税年度内缴纳的社会保险费和住房公积金的总额。起征点是指个人所得税法规定的免征额度，目前为5000元。

根据题目所给的信息，工资为12000元，假设个人社保公积金缴纳金额为3000元，则应纳税所得额为：

应纳税所得额 = 12000 - 3000 - 5000 = 4000元

根据中国税法，应纳税所得额在4000元以下的，税率为3%，速算扣除数为0元。因此，该纳税人应缴纳的个人所得税为：

个人所得税 = 4000 × 3% - 0 = 120元

因此，工资为12000元、个人社保公积金缴纳金额为3000元的纳税人应缴纳的个人所得税为120元。