进项税不能抵扣的处理方法主要有以下几种：
1. 计入成本：将进项税计入成本中，不予以抵扣，最终计入成本费用中。
2. 计入费用：将进项税计入费用中，不予以抵扣，最终计入费用费用中。
3. 退税：如果进项税不能抵扣的原因是因为购买的货物或服务被退货或退款，可以向税务机关申请退税。
4. 转出：如果企业购进的货物或服务用于非增值税纳税人的生产经营活动，可以将进项税转出。
5. 不予认证：如果进项税是因为发票问题无法认证，可以不予认证，不予以抵扣。

需要注意的是，以上处理方法需要根据具体情况进行选择，同时需要遵守相关税法规定。