物业公司在征收水费差额税时，应该按照国家税收法律法规的规定，确保税务合规。具体操作如下：
1. 确定征税基数：物业公司应该确定征税的基数，即按照国家规定计算出物业小区每户的实际用水量，然后按照税率计算出应缴纳的税款。
2. 缴纳差额税款：物业公司应该按照规定的时间和方式缴纳差额税款，同时保留好相关的税务凭证和记录。
3. 定期申报：物业公司应该按照规定的时间和方式定期向税务部门申报水费差额税，确保申报的准确性和及时性。
4. 合规审计：物业公司应该定期进行内部审计，确保税务合规，同时接受税务部门的监督和审计。

总之，物业公司在征收水费差额税时，应该遵守国家税收法律法规，确保税务合规，避免出现违规行为。