物业公司水费差额征税是指物业公司在向业主收取水费时，按照实际用水量向供水公司缴纳水费，但向业主收取的水费金额高于实际缴纳给供水公司的水费金额，这部分差额需要缴纳增值税。

具体计算方法如下：
1. 首先需要确定实际用水量和实际缴纳给供水公司的水费金额。
2. 然后需要计算出向业主收取的水费金额，即实际用水量乘以收费标准。
3. 如果向业主收取的水费金额高于实际缴纳给供水公司的水费金额，那么这部分差额需要缴纳增值税。
4. 增值税的计算公式为：差额金额 × 3%。

例如，某物业公司向业主收取了10000元的水费，但实际缴纳给供水公司的水费只有8000元，那么差额为2000元，需要缴纳增值税。增值税的计算公式为：2000元 × 3% = 60元。

因此，该物业公司需要向税务部门缴纳60元的增值税。