补交增值税的纳税申报流程如下：
1. 确定补交增值税的金额，包括增值税税款和滞纳金。
2. 在纳税申报系统中选择“补缴税款”选项，填写相关信息，包括纳税人识别号、纳税人名称、税款种类、税款期限等。
3. 输入补交增值税的金额，系统会自动计算滞纳金。
4. 确认无误后，点击“提交”按钮，完成纳税申报。
5. 纳税人需要在规定的时间内将补交的增值税税款和滞纳金缴纳到指定的税务机关。
6. 缴纳完毕后，纳税人需在纳税申报系统中选择“缴款信息查询”选项，查询缴款情况。

补交增值税的纳税申报流程较为简单，但纳税人需要注意纳税期限，避免因滞纳金的产生而增加财务成本。同时，纳税人也需要保证申报信息的准确性和完整性，避免因错误或漏报而产生不必要的风险。