会计档案中的机密信息包括企业的财务状况、经营情况、税务情况等，这些信息的泄露可能会给企业带来严重的财务和声誉损失。因此，企业应该采取以下措施保护会计档案中的机密信息：
1. 限制访问权限：企业应该对会计档案中的机密信息进行访问权限的管理，只授权给必要的人员访问，同时对访问进行记录和审计。
2. 加强物理安全：会计档案应该存放在安全的地方，如保险柜、安全室等，同时对存放和取出进行记录和监控。
3. 强化网络安全：企业应该加强网络安全，采取防火墙、加密、访问控制等措施，防止黑客攻击和网络窃取。
4. 建立保密制度：企业应该建立保密制度，对会计档案中的机密信息进行分类、标记和保护，同时对员工进行保密培训和监督。
5. 定期备份：企业应该定期备份会计档案中的机密信息，以防止数据丢失或损坏。

通过以上措施，企业可以有效保护会计档案中的机密信息，保障企业的财务安全和声誉。