物流企业的运输成本主要包括运输费用、保险费用、装卸费用、过路费等。根据会计准则，这些成本应当按照实际发生的情况进行核算和处理。

具体来说，可以按照以下步骤进行处理：
1. 根据物流企业的运输合同，确定运输费用、保险费用、装卸费用、过路费等的金额。
2. 将这些费用按照不同的分类分别计入相应的费用科目，如运输费用、保险费用、装卸费用、过路费等。
3. 如果这些费用已经支付，那么应当在财务账簿中记录相应的支出，同时在银行账户中进行相应的支付操作。
4. 如果这些费用尚未支付，那么应当在财务账簿中记录相应的应付账款，同时在银行账户中进行相应的预付款操作。
5. 在编制财务报表时，应当将这些费用按照不同的分类分别列入成本或费用科目，并计算出相应的总额。

需要注意的是，物流企业的运输成本可能会受到多种因素的影响，如货物种类、运输距离、运输方式等，因此在进行核算和处理时，应当根据实际情况进行具体的操作。