小规模纳税人填写增值税纳税申报表时需要注意以下几个问题：
1. 申报周期：小规模纳税人的申报周期为季度，即每个季度需要填写一次增值税纳税申报表。
2. 税率：小规模纳税人的增值税税率为3%，需要按照实际销售额计算应纳税额。
3. 抵扣：小规模纳税人只能抵扣进项税额，不能抵扣固定资产、不动产等其他费用。
4. 发票：小规模纳税人销售商品或提供应税劳务时，需要开具增值税普通发票，并按照规定将销售额和税额分别填写在增值税纳税申报表中。
5. 纳税申报表填写：小规模纳税人需要填写增值税纳税申报表（适用于小规模纳税人），并按照规定填写各项内容，如销售额、进项税额、应纳税额等。
6. 申报时间：小规模纳税人需要在每个季度的最后一天前将增值税纳税申报表报送税务机关。

总之，小规模纳税人需要按照规定填写增值税纳税申报表，并按照要求缴纳增值税，同时注意发票的开具和保存。