小规模纳税人应纳增值税额的计算方法如下：
1. 首先，确定纳税人的销售额和进项税额。
2. 计算销项税额，即纳税人销售额乘以税率。小规模纳税人的税率为3%。
3. 计算进项税额，即纳税人购买货物或接受服务时支付的增值税。
4. 如果销项税额大于进项税额，则纳税人需要缴纳差额，即销项税额减去进项税额。
5. 如果进项税额大于销项税额，则纳税人可以抵扣多余的进项税额，直到抵扣完毕。

需要注意的是，小规模纳税人的增值税纳税申报周期为季度，每季度需要进行一次纳税申报。