小规模纳税人应纳增值税额的计算方法如下：
1. 首先，计算本期销售额，包括应税销售额和免税销售额。
2. 然后，计算本期应纳增值税销售额，即应税销售额。
3. 根据税率计算本期应纳增值税额。
4. 最后，减去本期可抵扣进项税额，得出本期应缴纳的增值税额。

具体的计算公式如下：

本期应纳增值税销售额 = 本期应税销售额 × 3%

本期应纳增值税额 = 本期应纳增值税销售额 × 3%

本期可抵扣进项税额 = 本期购进货物、接受服务支付的增值税额

本期应缴纳的增值税额 = 本期应纳增值税额 - 本期可抵扣进项税额

需要注意的是，小规模纳税人的应纳增值税额不能超过销售额的3%。如果计算出来的应纳增值税额超过了3%，则应按照3%的销售额计算应纳增值税额。