会计档案保管期限结束后，企业应该按照相关规定进行处理。一般来说，会计档案保管期限为5年，但是对于涉及到税务、审计、诉讼等特殊情况的会计档案，保管期限可能会更长。

在保管期限结束后，企业应该按照以下步骤处理会计档案：
1. 进行清点：对所有会计档案进行清点，确保档案完整无缺。
2. 进行整理：对档案进行整理，按照年度、科目、凭证号等方式进行分类。
3. 进行销毁：对于已经过期的会计档案，应该进行销毁。销毁时应该采取安全、环保的方式，如通过专业机构进行文件销毁或者进行机密文件碎纸处理。
4. 进行归档：对于尚未过期的会计档案，应该按照相关规定进行归档，确保档案安全可靠。

需要注意的是，对于重要的会计档案，企业应该在保管期限结束后继续进行保管，以备后续可能的审计、税务、诉讼等需要。