存货的损耗、报废和退货的处理方式如下：
1.存货损耗的处理：
当存货因为自然损耗、盗窃等原因而减少时，应该在成本中计入损失。计算方法为：损失金额 = 存货成本 × 损失数量 ÷ 存货数量。
2.存货报废的处理：

当存货因为质量不合格、过期等原因而报废时，应该在成本中计入损失。计算方法为：损失金额 = 存货成本 × 报废数量 ÷ 存货数量。

3.存货退货的处理：

当客户退货时，应该将退货的存货从销售收入中扣除，并计入存货中。如果退货的存货质量不合格，则应该按照存货报废的处理方式计算损失金额。如果退货的存货质量合格，则应该按照存货成本计算退货成本，并将退货成本计入存货中。

以上是存货损耗、报废和退货的处理方式，需要根据具体情况进行处理。同时，需要注意相关的会计准则和法规，确保处理方式符合规定。