村民缴纳的村民会费应该按照以下步骤进行处理：
1. 收款：村民缴纳村民会费时，应当由村委会会计亲自收取，并开具收据或者收款凭证。
2. 记账：村委会会计应当将收到的村民会费按照收款日期和缴费人员分别记入村民会费收入账户中。
3. 核对：村委会会计应当定期核对村民会费的收入情况，确保收入的准确性和完整性。
4. 报表：村委会会计应当按照规定的时间和要求，编制村民会费收入的相关报表，如村民会费收入明细表、村民会费收入汇总表等。

需要注意的是，村民会费是一种非税收入，因此在处理过程中应当遵守相关的财务管理规定和要求，确保村民会费的使用和管理符合法律法规和村民的利益。