村委会会计在处理村民捐赠款项时，应该按照以下步骤进行：
1. 首先，应该确认捐赠款项的来源和金额，并记录在捐赠收入账户中。
2. 然后，应该将捐赠款项的用途与捐赠人的意愿进行核对，并将款项用于捐赠人指定的用途。
3. 在处理捐赠款项时，应该保持透明和公开，确保所有捐赠人都能够了解捐赠款项的用途和管理情况。
4. 最后，应该将捐赠款项的使用情况进行记录，并定期向捐赠人公布使用情况。

需要注意的是，村委会会计在处理捐赠款项时，应该遵守相关的法律法规和财务管理制度，确保捐赠款项的合法性和规范性。