员工借款的会计分录应该如下处理：

借：借款支出或其他应付款
贷：银行存款或现金

例如，某员工向公司借款1万元，公司通过银行转账方式支付给员工，那么会计分录如下：

借：借款支出或其他应付款 1万元
贷：银行存款或现金 1万元

需要注意的是，员工借款应该与员工工资、奖金等收入分开处理，不要混淆。此外，公司应该建立健全的借款管理制度，规范员工借款行为，防止出现不良后果。