个人所得税扣除的申报流程如下：
1. 填写纳税申报表：个人所得税扣除需要填写纳税申报表，包括月度和年度两种表格。月度申报表需要在每个月的15日前报送，年度申报表需要在次年3月31日前报送。
2. 提供相关证明材料：如果需要申请扣除的支出需要提供相关证明材料，如医疗费用需要提供医疗费用发票等。
3. 提交申报表和证明材料：将填好的纳税申报表和相关证明材料提交给税务机关。
4. 审核和处理：税务机关会对提交的申报表和证明材料进行审核和处理，如果符合规定，则会批准相应的扣除。
5. 纳税：扣除后的税款需要在规定的时间内缴纳。

需要注意的是，不同的扣除项目所需的证明材料和申报流程会有所不同，需要根据具体情况进行操作。