年终奖个人所得税的计算方法如下：
1. 先计算应纳税所得额，即年终奖金额减去个人所得税起征点（目前为5000元），得到应纳税所得额。
2. 根据应纳税所得额查找适用税率和速算扣除数，计算出应缴纳的个人所得税。
3. 最终所得税金额为应缴纳的个人所得税减去已缴纳的税款（如有），即为实际需要缴纳的个人所得税金额。

例如，某员工的年终奖为10万元，个人所得税起征点为5000元，适用税率为25%，速算扣除数为18750元。则该员工应缴纳的个人所得税为：

应纳税所得额 = 10万元 - 5000元 = 95万元

应缴纳的个人所得税 = 95万元 × 25% - 18750元 = 19562.5元

如果该员工已经在工资中缴纳了5000元的个人所得税，则最终需要缴纳的个人所得税为：

最终所得税金额 = 19562.5元 - 5000元 = 14562.5元