机械设备报废后，折旧的处理方式取决于具体的会计政策和税法规定。以下是一般情况下的处理方式：
1. 停止折旧：当机械设备报废后，公司应该停止对其进行折旧。
2. 处理残值：如果机械设备报废后还有残值，公司应该将其作为收入或其他收益计入当期收入。
3. 处理累计折旧：公司应该将机械设备的累计折旧从固定资产账户中清除，并将其转入损益表中。
4. 处理固定资产账户：公司应该将机械设备的固定资产账户中的原值和累计折旧清零，以反映其已报废的状态。

需要注意的是，以上处理方式可能会因为会计政策和税法规定的不同而有所不同。因此，在具体处理时，应该遵循相关的会计准则和税法规定，并咨询专业会计师或税务师的意见。