工程审计费是指对工程项目进行审计的费用，而工程造价是指工程项目的总造价，包括各种费用。工程审计费与工程造价之间的关系是，工程审计费是工程造价的一项组成部分，属于工程造价中的管理费用。

在进行核算时，可以采用以下步骤：
1.确定工程审计费用的计算方法和标准，一般按照工程造价的比例来计算。
2.在工程造价中将工程审计费用列入管理费用中。
3.在工程项目的结算中，将工程审计费用与其他管理费用一起计算，从工程项目的总造价中扣除。
4.在工程项目的财务报表中，将工程审计费用与其他管理费用一起列入管理费用科目中，反映在财务报表中。

需要注意的是，工程审计费用的核算应该按照相关的法律法规和会计准则进行，确保核算的准确性和合法性。