应交税费和税金及附加的差异通常是由以下几种情况引起的：
1. 征收标准不同：应交税费和税金及附加的征收标准可能不同，导致应交税费和税金及附加的计算结果不同。
2. 计算方法不同：应交税费和税金及附加的计算方法可能不同，例如，应交税费按照销售额计算，而税金及附加按照利润计算，这样可能会导致应交税费和税金及附加的差异。
3. 会计处理不当：如果会计处理不当，例如，将应交税费和税金及附加计入不正确的账户，或者计算错误，也可能导致应交税费和税金及附加的差异。
4. 税务部门调整：税务部门可能会对企业的应交税费和税金及附加进行调整，例如，对企业的税务申报进行审核，发现存在错误或漏报等情况，这也可能导致应交税费和税金及附加的差异。

因此，企业在处理应交税费和税金及附加时，需要注意以上几种情况，避免出现差异。同时，企业应该建立完善的会计制度和内部控制制度，确保应交税费和税金及附加的计算和处理准确无误。