企业所得税计算中，跨境业务和税收协定的影响需要根据具体情况进行处理。一般来说，以下几个方面需要注意：
1. 跨境业务的收入和支出应该按照相关法规进行分类和计算，包括跨境贸易、跨境服务、跨境投资等。
2. 对于涉及到跨境业务的收入和支出，需要根据相关税收协定的规定进行处理。税收协定是各国之间签署的协议，旨在避免双重征税和防止逃税。根据税收协定的规定，可以享受到一定的税收优惠。
3. 对于涉及到跨境业务的收入和支出，还需要考虑转移定价的问题。转移定价是指跨国公司在内部交易中确定价格的过程。如果转移价格不合理，会导致企业所得税的计算出现偏差。

因此，在企业所得税计算中，需要充分考虑跨境业务和税收协定的影响，并按照相关规定进行处理，以确保计算结果的准确性和合法性。