小企业会计科目的设置与大企业有以下不同之处：
1. 科目设置的数量：小企业会计科目的数量相对较少，通常只有几十个，而大企业的会计科目则可以达到几百个。
2. 科目设置的细节：小企业的会计科目设置相对简单，通常只包括基本的资产、负债、收入、费用等科目，而大企业会根据其业务特点，设置更为详细的科目，如各类应收账款、预付账款、存货、工资福利等。
3. 会计处理方式：小企业的会计处理方式相对简单，通常采用单式记账或简单的复式记账，而大企业则需要采用复杂的多级复式记账方式，以满足其业务复杂性的要求。
4. 报表输出：小企业的会计报表输出相对简单，只需要输出资产负债表和利润表即可，而大企业则需要输出更为复杂的报表，如现金流量表、股东权益变动表等。

总之，小企业的会计科目设置相对简单，处理方式也较为简单，而大企业则需要更为详细和复杂的会计科目设置和处理方式，以适应其业务特点和规模。