会计凭证的保管方式主要包括以下几种：
1. 纸质保管：将会计凭证按照时间顺序编号，装订成册，存放在专门的会计档案柜中，进行保管。
2. 电子保管：将会计凭证扫描成电子文件，存储在计算机或其他存储设备中进行保管。
3. 录入保管：将会计凭证录入到电子会计系统中，由系统进行自动保管。

无论采用何种保管方式，都应当确保会计凭证的完整性、真实性和安全性，以便于会计核算、审计和管理。同时，需要注意保管期限，根据国家相关规定和企业自身情况，制定合理的保管期限和保管规定。