确认员工预支工资的金额需要按照以下步骤进行：
1. 首先，需要核对员工预支工资的申请单和相关的支持文件，如工资单、银行转账记录等，确保这些文件的真实性和准确性。
2. 然后，需要确认员工预支工资的金额是否符合公司规定和政策，例如公司是否规定有最高预支额度等。
3. 接下来，需要确认员工预支工资的用途是否符合公司的业务需要和政策要求，例如是否用于公司业务活动、是否符合公司预算等。
4. 最后，需要将确认后的员工预支工资金额记录在公司的预支工资台账中，并及时更新员工工资信息。

需要注意的是，在确认员工预支工资金额时，应当注意保护员工的隐私和个人信息，确保信息的保密性。