非营利组织的慈善活动成本支出可以按照以下步骤进行处理：
1. 确定慈善活动的成本支出项目，如物资采购、场地租赁、员工工资等。
2. 对于直接与慈善活动相关的成本支出，可以直接计入慈善活动的成本支出中。
3. 对于间接与慈善活动相关的成本支出，需要进行分摊。可以采用合理的分摊方法，如按照人力资源、时间、使用面积等因素进行分摊。
4. 在会计账务中，慈善活动的成本支出应当单独列账，以便于监管和核查。

需要注意的是，非营利组织在进行慈善活动时，应当遵守相关的法律法规和会计准则，确保慈善活动的成本支出合规、透明和可追溯。