股权对外投资的个税是自行申报还是由被投资企业扣缴

最近长春高新的半年报披露了一个退还个税手续费相关的事项，详见如下：

本公司下属子公司金赛药业2024年6月19日收到国家税务总局长春新区税务局向公司出具的《税务事项通知书》（长新税通【2024】2003号）。文件内容：金赛药业于2021年1月申报并代扣代缴了金磊、林殿海两位股东“非货币性资产投资”的个人所得税，并于2022年申请退还了此笔税款的代扣代缴手续费22,238,924.08元。按照《国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税征管问题的公告》国家税务总局公告2015年第20号第二条规定，非货币性资产投资个人所得税由纳税人向主管税务机关自行申报缴纳。处理结果：收到本通知之日起十五日内退还已经取得的手续费。 金赛药业于2024年6月21日退还已经取得的手续费，因此，公司调减2024年其他收益22,238,924.08元。

那引发该事项的交易具体是咋回事呢？

根据长春高新技术产业（集团）股份有限公司发行股份及可转换债券购买资产并募集配套资金暨关联交易报告书披露显示，本次交易是长春高新拟向金磊、林殿海发行股份及可转换债券购买其持有的金赛药业 29.50%股权。

这个交易是金磊、林殿海向长春高新转让持有的金赛药业的股权还是金磊、林殿海用持有的金赛药业的股权向长春高新投资呢？该如何界定。

也许会有人说，纠结这个干嘛呢，不都是一回事儿吗？交易的结果肯定是长春高新获得了金磊、林殿海持有的金赛药业 29.50%股权，这毫无疑问。

首先需要说明的是，不管怎么界定这个交易，金磊、林殿海两位自然人股东的个人所得税都不应该是由金赛药业代扣代缴，因此，金赛药业退还获得的个税手续费，是理所当然的。

然后，我们再来看一下股权转让和用股权投资，个人所得税的申报方式规定。

看完了上述规定，然后在讨论长春高新的这个交易事项如何界定就有意义了。

如果认定这个交易金磊、林殿海向长春高新转让持有的金赛药业的股权，那么这两位的个人所得税，按照国家税务总局公告2014年第67号规定，应该是由长春高新代扣代缴，然后长春高新就可以申请2%的个税手续费返还了。

如果认定这个交易是金磊、林殿海用持有的金赛药业的股权向长春高新投资，那么这两位的个人所得税，应该是按财税[2015]41号及国家税务总局公告2015年第20号的规定，由这两位向主管税务机关自行申报缴纳，也就不存在个税手续费返回了。

那么我们假设一下，在这个交易中，金磊、林殿海的个人所得税由长春高新做了扣缴申报，并申请了个税手续费返还，税务局还会不会让其退回呢？