税务机关代开发票由谁加盖发票专用章?

《国家税务总局关于印发<税务机关代开增值税专用发票管理办法（试行）>的通知》（国税发[2004]153号）第二条规定，本办法所称代开专用发票是指主管税务机关为所辖范围内的增值税纳税人代开专用发票，其他单位和个人不得代开。（注：根据《国家税务总局关于营业税改征增值税委托地税局代征税款和代开增值税发票的通知》（税总函〔2016〕145号）的规定，其他个人销售其取得的不动产和出租不动产，购买方或承租方不属于其他个人的，纳税人缴纳增值税后可以向地税局申请代开增值税专用发票。）
第五条规定，本办法所称增值税纳税人是指已办理税务登记的小规模纳税人（包括个体经营者）以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人。

第六条规定，增值税纳税人发生增值税应税行为、需要开具专用发票时，可向其主管税务机关申请代开。

第十一条规定，增值税纳税人应在代开专用发票的备注栏上，加盖本单位的财务专用章（注：发票专用章自2011年2月1日起启用，已不能再使用财务专用章）或发票专用章。

后续《国家税务总局货物和劳务税司关于做好增值税发票使用宣传辅导有关工作的通知》（税总货便函[2017]127号）第二章第二节第一条第(一)项规定，已办理税务登记的小规模纳税人(包括个体工商户)以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人，发生增值税应税行为，可以申请代开增值税专用发票。第四条也规定，增值税纳税人应在代开增值税专用发票的备注栏上，加盖本单位的发票专用章(为其他个人代开的特殊情况除外)。

根据上述规定，税务机关代开增值税专用发票，增值税纳税人（为其他个人代开的特殊情况除外）应在代开专用发票的备注栏上，加盖本单位的发票专用章。

《国家税务总局关于加强和规范税务机关代开普通发票工作的通知》（国税函[2004]1024号）第二条规定，申请代开发票的单位和个人应当凭有关证明材料，向主管税务机关申请代开普通发票。第三条第（三）项规定，代开普通发票应指定专人负责，一般应使用计算机开具，并确保开票记录完整、准确、可靠存储，不可更改；暂无条件使用计算机开具的，也可手工填开。无论使用计算机开具还是手工填开，均须加盖税务机关代开发票专用章，否则无效。

但该文件已由《国家税务总局关于公布全文失效废止和部分条款失效废止的税收规范性文件目录的公告》（国家税务总局公告2018年第33号）废止，那后续是如何规定的呢？

《国家税务总局货物和劳务税司关于做好增值税发票使用宣传辅导有关工作的通知》（税总货便函[2017]127号）第二章第二节第一条第(二)项规定，有下列情形之一的，可以向税务机关申请代开增值税普通发票：
　　1.被税务机关依法收缴发票或者停止发售发票的纳税人，取得经营收入需要开具增值税普通发票的;
　　2.正在申请办理税务登记的单位和个人，对其自领取营业执照之日起至取得税务登记证件期间发生的业务收入需要开具增值税普通发票的;
　　3.应办理税务登记而未办理的单位和个人，主管税务机关应当依法予以处理，并在补办税务登记手续后，对其自领取营业执照之日起至取得税务登记证件期间发生的业务收入需要开具增值税普通发票的;
　　4.依法不需要办理税务登记的单位和个人，临时取得收入，需要开具增值税普通发票的。

第四条规定，税务机关在代开增值税普通发票以及为其他个人代开增值税专用发票的备注栏上，加盖税务机关代开发票专用章。
根据上述规定，税务机关在代开增值税普通发票以及为其他个人代开增值税专用发票的备注栏上，加盖税务机关代开发票专用章。