问：纳税人丢失了海关进口增值税专用缴款书还能否抵扣？
答：根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）第四条第二款规定：“增值税一般纳税人丢失海关缴款书，应在本通知第二条规定期限内，凭报关地海关出具的相关已完税证明，向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关缴款书电子数据纳入稽核系统进行比对。稽核比对无误后，方可允许计算进项税额抵扣。”
因此，纳税人可根据上述规定向海关申请开具已完税证明后向税务机关申请抵扣。
