进口设备海关开具双抬头的专用缴款书，由哪方抵扣进项税

答：《国家税务总局关于加强进口环节增值税专用缴款书抵扣税款管理的通知》（国税发〔1996〕32号）第一条规定，对海关代征进口环节增值税开据的增值税专用缴款书上标明有两个单位名称，即既有代理进口单位名称，又有委托进口单位名称的，只准予其中取得专用缴款书原件的一个单位抵扣税款。 

第二条规定，申报抵扣税款的委托进口单位，必须提供相应的海关代征增值税专用缴款书原件、委托代理合同及付款凭证，否则，不予抵扣进项税款。 

根据上述规定，委托代理公司代理进口设备，海关开具双抬头的进口增值税专用缴款书，由取得原件的一方抵扣进项税，同时需要提供委托代理合同和付款凭证。