转让外购的厂房计算土地增值税时，缴纳的契税是否可以扣除

答：可以，参考《财政部 国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）规定： 

“二、关于转让旧房准予扣除项目的计算问题 

纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。”