建筑企业在机构所在地全额缴纳了增值税，税务机关为什么还会对建筑企业罚款？

答：《国家税务总局关于发布<纳税人跨县（市、区）提供建筑服务增值税征收管理暂行办法>的公告》（国家税务总局公告2016年第17号）第十二条 纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，按照本办法应向建筑服务发生地主管税务机关预缴税款而自应当预缴之月起超过6个月没有预缴税款的，由机构所在地主管税务机关按照《中华人民共和国税收征收管理法》及相关规定进行处理。

《中华人民共和国税收征收管理法》（主席令〔2015〕第23号）第六十二条 纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，或者扣缴义务人未按照规定的期限向税务机关报送代扣代缴、代收代缴税款报告表和有关资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。

根据上述规定，建筑企业未按照规定在项目地进行增值税预缴申报的，主管税务机关可以对其进行罚款。