仅有双方认可的运费结算单，是否缴纳印花税？

答：《中华人民共和国印花税法》(主席令第八十九号)后附的印花税税目税率表规定，货运合同属于印花税征收范围。

《国家税务局关于货运凭证征收印花税几个具体问题的通知》(国税发〔1990〕173号)第一条规定，在货运业务中，凡是明确承、托运双方业务关系的运输单据均属于合同性质的凭证。鉴于目前各类货运业务使用的单据，不够规范统一，不便计税贴花，为了便于征管，现规定以运费结算凭证作为各类货运的应税凭证。

根据国家税务总局关于实施《中华人民共和国印花税法》等有关事项的公告（国家税务总局公告2022年第14号）附件2规定，上述规定还继续有效，未被废止。

因此，您公司发生的货物运输费用没有签订运输合同，仅有双方认可的运费结算单，应缴纳印花税。