基金份额登记过程实际上是基金注册登记机构通过基金注册登记系统对基金投资者所投资基金份额及其变动的确认、记账的过程。这个过程与基金的申购和赎回过程是一致的，具体流程如下：
T日，投资者的申购和赎回申请信息通过代销机构网点传送至代销机构总部，由代销机构总部将本代销机构的申购和赎回申请信息汇总后统一传送至注册登记机构。
T+1日，注册登记机构根据T日各代销机构的申购和赎回申请数据及T日的基金份额净值统一进行确认处理，并将确认的基金份额登记至投资者的账户，然后将确认后的申购和赎回数据信息下发至各代销机构，各代销机构再下发至各所属网点。同时，注册登记机构也将登记数据发送至基金托管人。至此，注册登记机构完成对基金份额持有人的基金份额登记。如果投资者提交的信息不符合注册登记的有关规定，最后的确认信息将是投资者申购和赎回失败。
对于不同基金品种，份额登记时间可能不一样，一般基金通常如上所述，是T+1日登记，而QDII基金则通常是T+2日登记。
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