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（一）股权转让所得征收个人所得税的计税依据及适用税率
《中华人民共和国个人所得税法》及其《实施条例》规定，个人股权转让所得，应按“财产转让所得”项目，按股权转让的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额，适用20%的税率，计算缴纳个人所得税。
合理费用，是指卖出财产时按照规定支付的有关费用。
需要注意的是，在计算缴纳的税款时，必须提供有关合法凭证，“纳税义务人未提供完整、准确的财产原值凭证，不能正确计算财产原值的，由主管税务机关核定其财产原值。”（《个人所得税法实施条例》第十九条）
举例：假设刘先生取得A公司股权时支付人民币100万元，现与B公司签订股权转让协议，要将其所持有的A公司股权作价人民币250万元转让给B公司。现行税法规定，对于股权转让，营业税及附加目前暂免征收，但所订立的股权转让协议属产权转移书据，立据双方还应按协议价格（所载金额）的万分之五缴纳印花税。则该股权转让应缴交印花税2500000×0.0005＝1250元，应缴交个人所得税=（2500000－1000000－1250）×20%＝299750元。
（二）有关涉税程序和事项
为加强自然人股东股权转让所得个人所得税的征收管理，国家税务总局下发了《关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函〔2009〕285号）。
1、办理纳税（扣缴）申报的时间
国税函〔2009〕285号对办理纳税（扣缴）申报的时间分两种情况进行了规定。
第一种情况是：股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。
第二种情况是：股权交易各方已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写《个人股东变动情况报告表》并向主管税务机关申报。
2、主管税务机关及纳税地点
《中华人民共和国个人所得税法》及国家税务总局印发的《个人所得税代扣代缴暂行办法》规定，在股权转让中如发生应税所得，以所得人为纳税义务人，以支付应税所得的单位或个人为个人所得税扣缴义务人。由于纳税义务人和扣缴义务人往往不在同一地，这里涉及主管税务机关问题。国税函〔2009〕285号第三条明确“个人股东股权转让所得个人所得税以发生股权变更企业所在地地税机关为主管税务机关。纳税人或扣缴义务人应到主管税务机关办理纳税申报和税款入库手续。”明确了主管税务机关的同时，实际上也就明确了纳税地点。
3、对计税依据明显偏低且无正当理由的处理
国税函〔2009〕285号第四条规定：“税务机关应加强对股权转让所得计税依据的评估和审核。对扣缴义务人或纳税人申报的股权转让所得相关资料应认真审核，判断股权转让行为是否符合独立交易原则，是否符合合理性经济行为及实际情况。对申报的计税依据明显偏低（如平价和低价转让等）且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。”
（三）几个特殊的政策规定
1、个人股权转让过程中取得违约金收入
股权成功转让后，转让方个人因受让方个人未按规定期限支付价款而取得的违约金收入，属于因财产转让而产生的收入。转让方个人取得的该违约金应并入财产转让收入，按照“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税，税款由取得所得的转让方个人向主管税务机关自行申报缴纳。 （《国家税务总局关于个人股权转让过程中取得违约金收入征收个人所得税问题的批复》国税函[2006]866号）
2、纳税人收回转让的股权
根据《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》（国税函[2005]130号）规定分两种情形：
第一种情形：股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。（即按两次股权转让行为缴纳个人所得税）
第二种情形：股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据个人所得税法和征管法的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。
3、转让改组改制企业的量化资产
股权个人所得税《国家税务总局关于企业改组改制过程中个人取得的量化资产征收个人所得税问题的通知》（国税发[2000]60号）规定：对职工个人以股份形式取得的拥有所有权的企业量化资产，暂缓征收个人所得税；待个人将股份转让时，就其转让收入额，减除个人取得该股份时实际支付的费用支出和合理转让费用后的余额，按“财产转让所得”项目计征个人所得税。对职工个人以股份形式取得的企业量化资产参与企业分配而获得的股息、红利、应按“利息、股息、红利”项目征收个人所得税。
注意，《国家税务总局关于联想集团改制员工取得的用于购买企业国有股权的劳动分红征收个人所得税问题的批复》（国税函[2001]832号）中有关国税发[2000]60号文规定适用范围进行了解释：一是暂缓征税的前提是集体所有制企业改制为股份合作制企业，二是暂缓征税的分配方式，是在企业改制时将企业的所有资产一次量化给职工个人。
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