在计算转让不动产的增值税时，如果取得的不动产是 2016 年 5 月 1 日后取得的，一般纳税人转让其取得的不动产应按照一般计税方法计税，即销项税额为转让收入乘以适用税率（本题为 9%）。 但是在计算扣除项目时，对于 2016 年 5 月 1 日后取得并按固定资产核算的不动产，其进项税额已经按规定申报扣除的，转让时应将已抵扣的进项税额从购置原价中扣除，以确定不动产的购置成本。 这样做是为了准确计算土地增值税的扣除项目金额，确保土地增值税的计算更加合理和准确。 所以本题在计算扣除项目时要将购置时的进项税额 220 万元从购房发票上注明的价款 2000 万元中扣除，以得到准确的购置成本用于后续土地增值税的计算。