在异地预缴增值税时，已经抵扣发票100万，如此情形发生，需要做好税务处理工作。一般情况下，本地税务机关可以申请增值税红字发票，以在管理的增值税入库中将抵扣的税款100万减去，这样做是为了保证纳税义务的正确性。如果确认劳务分包发票开多了，则需要劳务分包方面的企业出具红字发票，再将该发票提交给当地的税务机关，对该税款进行红字发票的处理。此外，有可能企业抵扣增值税时，以及红字发票处理时存在违法行为，需要及时向税务机关反映情况，以保障企业正常进行税收管理。