增值税专用发票丢失的情况下，记账时，首先要根据供应商的开票时间和发票号码，查看增值税系统，确认本次付款是否存在增值税发票，如果在系统中发现丢失的发票，应收取原发票；如果在系统不存在，则可能是使用了假发票，应当重新处理交易。 如果是购买原材料，增值税专用发票丢失了，可以查看系统中记录的进货单号，并凭收货凭证补充完善账务处理。同时，应当开具替代的发票，以便能够询证。替代发票也可以用增值税普通发票，但是记账时要做到详细记录，以备后续出具税务证明用。 此外，应当注意丢失发票产生的税负风险。如果发现丢失发票后及时做好处理，可以减少税收风险。可以根据税务机关的要求，对涉及的相关交易进行检查，并根据情况申报相关税费。