甲方和乙方可以单独签订这样一份协议： 协议的合法性：确保协议的内容不违反法律法规以及相关政策的规定。 政府规定：需了解有关政府部门对于补助款申请和项目审计的具体规定，确保该协议不会影响乙方申请补助款的合规性。 双方意愿的真实性：协议应基于双方真实、自愿的意愿，不存在胁迫、欺诈等情况。 条款的明确性：协议中对于双方的权利义务、付款方式、违约责任等重要条款应明确、具体，避免产生歧义。