在单一基金核算的情境下，关于投资亏损是否能在个税申报中扣除的问题，确实需要依据相关的税务规定和会计准则来处理。根据您所描述的情况，税务部门认为这笔破产清算导致的投资全额亏损不能作为股权转让的亏损来扣除。 一般来说，单一投资基金核算下的股权转让所得，是根据不同投资项目的所得和损失相互抵减后的余额来计算的。但是，这里的关键是要区分“股权转让所得”和“投资亏损”的不同性质。股权转让所得通常指的是通过出售或转让股权而获得的收益，而投资亏损则可能包括由于被投资公司破产清算、经营不善等原因导致的投资本金损失。 在税务处理上，股权转让所得是应税收入的一部分，需要按照规定的税率计算并缴纳个人所得税。而投资亏损，虽然在会计上可能会影响基金的净值和投资回报，但并不一定能在税务上直接扣除。 对于您所遇到的问题，建议您采取以下步骤处理： 仔细研究相关的税务规定和会计准则，特别是关于单一投资基金核算和股权转让所得的税务处理规定。