中小企业发展专项资金的入账一般分为两种方式。一种是商业银行账户中的直接存款方式，另一种是通过银行承兑的票据的方式。为了保证资金安全，一般申办者必须在财政部门或地方政府财政部门等指定银行开设独立账户，作为资金入账账户，专户仅限政府拨付使用。另外，要求申请者按照有关规定，妥善保管自己的银行卡和密码，定期查询账户余额，及时对账户内资金余额进行调整，以确保资金正常使用。此外，申请者还要确保资金能够有效地到达财政部门注册的银行账户，防止资金被非法挪用或转移。