根据《中华人民共和国地方税务法》第五条规定，当不动产经转让、抵押或者抵债后，原拥有者仍然承担房产税的义务。因此，您的公司由于在开发商铺时使用了抵押贷款，虽然现在已经还清了贷款，但是商铺仍然转为固定资产，应当仍然缴纳房产税。如果您的公司希望将商铺重新转入开发产品，并避免缴纳房产税，需要向地方税务机关进行备案并申请减免房产税，凭借一定的证明材料，展示公司对开发商铺所作出的投入，通过审核才能获得减免。