行政单位法院扣款会计处理主要分为三步：一是核实支付凭证；二是在会计凭证上记载法院扣款的明细；三是根据政府的财政体制和规定，把法院扣款的费用支付给相关的单位或部门。 拓展：会计处理过程中，应当注意遵守国家有关的财政规范和程序，运用合法的资金渠道，保证法院扣款的费用及时到账，且不会出现任何财务上的损失。此外，会计人员还应该加强处理过程中的风险控制，确保审计及财务报告的准确性。