6月份认证的发票需要入账。具体做账时，首先应当确定本月的销售收入，净利润，应交税金以及毛利润等信息。接下来，根据6月份的认证发票，将其作为一项费用，分别进行抵扣，以减少应交税金。最后，根据已抵扣项目和应纳税额，分别做账完成结转成本操作。此外，在日常做账时，应尽量避免认证发票过多，以免出现抵扣超过应交税金的情况，从而给账户带来不可控的风险。