甲公司当季应确认收入为12000元。因为乙公司在每季末支付本公司股票1000股，4月30日乙公司股票公允价值为12.9元/股，5月31日为11元/股，6月30日为15元/股，所以累计收入为12.9*1000+11*1000+15*1000=12000元。 拓展知识：公允价值是指一个客观参照物来衡量证券价格的相对一致性，它是指以证券市场上当前价格为基准，考虑到证券以前的历史经验、以及金融市场和经济政策的影响，综合估算的该证券的市价或实际价格，以此反映证券的实际价值情况。公允价值有价值的变化会产生影响报告期内收入的变化，但不会影响应计的收入，因此，一般都不用做具体披露。